Obec sa stala významnou od doby hradištnej, keď sa na tomto území začali budovať hradiská a opevnenia. Na týchto základoch bol postavený aj rytiersky gotický hrad. Prvýkrát je spomínaný v písomných prameňoch z roku 1344. V rokoch 1440 – 1462 mnoho pevností v kraji opanovali Jiskrovci. Hajnáčka bola medzi nimi. Pevnosť predstavovala jeden z dôležitých oporných bodov v obrane proti Turkom, no podľahla aj ona. V roku 1626 patril hrad Tomášovi Bošňákovi, ktorý ho dal zrenovovať. V roku 1703 však Hajnáčka vyhorela a po tejto udalosti už nikdy nebola obnovená do bývalej krásy. Rodiny vlastníkov sa striedali, no hrad nezadržateľne pustol. Hajnáčka sa po tureckej okupácii zmenila na samotu. V roku 1793 tu žilo iba 13 želiarov a niekoľko remeselníkov. V roku 1828 mala dedina 84 domov a 375 obyvateľov. Hajnáčka má ešte jednu pozoruhodnosť, ktorou sú minerálne vody. Dr. Maríkovský dokázal prítomnosť síry, železa a vápnika a z tohoto dôvodu bola voda vzácna aj na liečenie mnohých diagnóz. Prvá zmienka o hajnáčskych kúpeľoch pochádza z roku 1848. V rokoch 1938 – 1944 bola Hajnáčka pripojená k Maďarsku. Dnes je táto dedina s nádhernou scenériou prirodzeným strediskom juhozápadného Gemera.