K 19 postupujúcim z 1. kola (v skupine Východ majú Michalovce voľný žreb) by sa malo v 2. kole SP (predbežný termín: 16. septembra) pridať jedenásť účastníkov Corgoň ligy 2008/2009. Zo spomenutých 30 mužstiev následne postúpi pätnástka tímov do 3. kola SP (plánovaný termín 30. septembra), kde ju na číslo 16 doplní úradujúci majster i víťaz národného pohára FC Artmedia Petržalka. Štvrťfinále Slovenského pohára, ktoré sa bude hrať tak ako v uplynulom ročníku už dvojkolovo, má termíny 21. októbra a 4. novembra, semifinále je na programe až na jar budúceho roka - 7. a 21. apríla. Finále SP sa uskutoční 1. mája.
Vyžrebované dvojice 1. kola:
ZÁPAD:
Spartak Vráble - AS Trenčín
Trenčianske Stankovce - SFM Senec
ŠKP Dúbravka Bratislava - Inter Bratislava
Iskra Petržalka - AFC Nové Mesto nad Váhom
MFK Vrbové - FK Mesto Prievidza
ŠK Blava Jaslovské Bohunice - Slovan Duslo Šaľa
FK Púchov - OTJ Moravany nad Váhom
FK Rača - MFK Topvar Topoľčany
ŠK Réca - FKS Nemšová
VÝCHOD:
ŠK Kremnička - LAFC Lučenec
MFK Rimavská Sobota - ŠK Odeva Lipany
ŠK Aqua Turčianske Teplice - MFK Vranov nad Topľou
TJ Topoľany - FK Čadca
MFK Stará Ľubovňa - FK Žiar nad Hronom
FK Poprad - TJ Jednota Bánová
MFK Zemplín Michalovce - voľný žreb
FK Spišská Nová Ves - ŽP Šport Podbrezová
FK Tatran NAO Liptovský Mikuláš - Slavoj Trebišov
MFK Dolný Kubín - HFC Humenné
